洲籠市に済む高校2年生・阿形勝平は、痛みを感じない不思議な身体を持っていた。
夏休み目前となったある日、勝平の前に現れた謎の少女・園崎法子。
彼女によって連れ去られた勝平が目覚めると、そこにはあまり親しくないクラスメイトたちの姿が。
動揺する彼らに園崎は言う。「今日からあなた方は──キズナイーバーなのです！」